Nguồn gốc của rượu whisky Nhật bắt nguồn từ đầu thế kỷ 20 khi Masataka bắt đầu cuộc hành trình đến Scotland nghiên cứu nghệ thuật sản xuất rượu whisky. Ông sinh ra trong một gia đình có truyền thống sản xuất rượu Sake, niềm đam mê sâu sắc với rượu whisky đã thúc đẩy ông tìm hiểu về cách sản xuất ra loại rượu này.
Trong thời gian ở Scotland, Taketsuru đắm mình vào quy trình sản xuất rượu whisky và học việc tại một số nhà máy chưng cất. Ông đã nghiên cứu các kỹ thuật ủ mạch nha, chưng cất và trưởng thành rượu, từ đó có được sự hiểu biết toàn diện về các yếu tố góp phần tạo nên loại rượu whisky hảo hạng. Không những thế, ông còn tìm hiểu về tầm quan trọng của môi trường địa phương, đặc biệt là tác động của khí hậu đến quá trình ủ rượu.
Từ những kiến thức và kỹ năng có được ở Scotland, Taketsuru trở lại Nhật Bản vào năm 1920 và thành lập ngành công nghiệp rượu whisky ở quê hương mình. Ông tin chắc rằng Nhật Bản sở hữu những điều kiện lý tưởng để sản xuất rượu whisky chất lượng cao. Hợp tác với Shinjiro Torii, một doanh nhân và là người sáng lập công ty Kotobukiya (sau này gọi là Suntory), họ đã đặt nền móng cho ngành công nghiệp rượu whisky Nhật Bản.
Năm 1923, nhà máy chưng cất Yamazaki được thành lập ở ngoại ô Kyoto, trở thành nhà máy chưng cất rượu whisky thương mại đầu tiên của Nhật Bản. Taketsuru tập trung vào việc kết hợp các kỹ thuật của Scotland và điều chỉnh để phù hợp với khí hậu và nguyên liệu địa phương đã tạo tiền đề cho đặc tính độc đáo của rượu whisky Nhật.
Đến năm 1929 đã cho phát hành Suntory Shifuda - loại rượu whisky đầu tiên được sản xuất tại Nhật Bản.
Từ giữa những năm 1950, mức độ phổ biến của rượu whisky bắt đầu tăng lên và ba thương hiệu lớn Suntory, Daikoku Budoshu (sau này là Tập đoàn Mercian ) bắt đầu có sự cạnh tranh gay gắt, cái này được gọi là "cuộc chiến tranh rượu whisky". Từ những năm 1960, những phong tục độc đáo của Nhật Bản liên quan đến rượu whisky bắt đầu xuất hiện. Uống rượu whisky với đồ ăn Nhật Bản trở nên phổ biến, và hệ thống " Giữ chai/keep bottles " bắt nguồn từ các quán bar và izakaya , và việc thưởng thức mizuwari, một loại rượu whisky pha loãng với lượng nước gấp 2 đến 2,5 lần, trở nên phổ biến trong cộnng đồng.
Năm 1971, nhiều hạn chế khác nhau đối với việc buôn bán rượu whisky đã được dỡ bỏ, cho phép các nhà nhập khẩu Nhật Bản nhập khẩu rượu whisky ở các nước. Sau khi đạt đến đỉnh cao vào năm 1983, lượng tiêu thụ rượu whisky ở Nhật Bản tiếp tục giảm, tụt xa so với bia Nhật Bản , shōchū và rượu sake , và vào năm 2008, chỉ bằng 20% mức tiêu thụ của năm 1983.
Tuy nhiên, mức tiêu thụ rượu whisky bắt đầu tăng trở lại vào khoảng năm 2008 do cơn sốt Highballvà mức độ phổ biến của rượu whisky tăng lên đáng kể vào năm 2014 khi cuộc đời của nhà sáng lập Nikka Masataka Taketsuru là nguồn cảm hứng trong bộ phim truyền hình NHK Massan. Ngoài ra, rượu whisky Nhật Bản bắt đầu giành được nhiều giải thưởng trong các cuộc thi quốc tế và việc xuất khẩu ngày càng tăng.
Đến những năm 2020, các nhà máy chưng cất của Nhật Bản đã nhập khẩu rượu mạnh để phối trộn. Vào năm 2021, Hiệp hội Japan Spirits & Liqueurs Makers Association đã công bố định nghĩa “rượu whisky Nhật Bản” là tiêu chuẩn của hiệp hội. 82 công ty là thành viên của hiệp hội bị ràng buộc bởi quy tắc này và bất kỳ loại rượu whisky nào không tuân thủ theo quy định sản xuất rượu whisky Nhật đều không được dán nhãn "rượu whisky Nhật" trên nhãn chai. Ngoài ra, nếu một loại rượu whisky không đủ tiêu chuẩn là "rượu whisky Nhật Bản" thì nhãn của nó phải ghi rõ điều này. Những loại rượu whisky như vậy cũng bị cấm sử dụng bất kỳ hình ảnh hoặc tên nào có thể gợi ý nguồn gốc Nhật Bản (chẳng hạn như tên địa điểm, người hoặc cờ Nhật Bản).
